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宇宙世纪，第三新东京市，此时整个第三新东京市已经被联邦司令部直属部队G猎犬给团团包围，而协助G猎犬部队的则是联邦远东方面军，原本责任上更多应该是协助NERV对抗使徒的部队，此时却因为联邦司令部的命令而成为了NERV的敌人。在这无数包围着第三新东京市的联邦军之中，其中还有一台看上去和柯西高达特别相似的机体，这是一台叫做潘娜洛浦的高达，也是柯西高达的兄弟机。
包围着城市的联邦军在短暂的向NERV再一次的给出通告，并遭受到了拒绝之后便毫不犹豫，根本没有一丁点迟疑的便朝着整个城市发动了攻击，无数的光束，导弹从这些联邦军的机体之中飞射而出，落在这夜色的城市里，伴随着轰隆的爆炸声，整个城市也开始被火光映照上了一层红色。
谁都知道第三新东京市真正核心的地方是位于地底的一个巨大空间里，而从地面开始，中间则有着许多层的装甲板牢牢保护着第三新东京市的真正核心，所以这支联邦部队要做的，便是将整个地面城市彻底摧毁，找到NERV隐藏起来前往地底的道路。
在多层装甲的保护下，NERV作战部的人员此时虽然看着这一切的发生，心中愤慨的同时对于联邦军的做法也是无能为力，看着熟悉的城市燃烧起了大火，一栋栋楼房在联邦军的破坏下崩溃倒塌，心中的情绪自然是极为的难受和愤怒。
他们想要阻止这一切的发生但却根本没有任何办法，因为此时的NERV之中，在将初号机和零号机送到了胜利舰队，联邦远东部队也成为了敌人之后，NERV除了依靠着多层装甲自保之外，真的也没有太多办法去阻止这一切。
“快啊，快啊，胜利舰队，你们要加快速度啊，城市一旦被毁灭，保护我们的装甲也不能坚持多久啊。”
作战指挥部里，不知道有多少人心中有了这样或是相似的想法，将一切希望寄托在了已经正在赶来的胜利舰队身上。而碇源渡虽然表现的相当平静，其实内心同样也同样焦急，他也明白单靠着上面的装甲板根本不足以抵抗联邦军太多的时间，而对于强大的敌人来说，比如萧然，比如有些特殊的使徒，只是一击就可以将所有的装甲板全部击穿，防御几乎等于零。
这些装甲板存在的意义，不过就只是拖延那些一般力量的时间，给予他们这些人更多的安全感罢了。
联邦的部队在步步逼近，城市的破坏也越来越大，而就在这个时候，一道黑色的光忽然出现在了第三新东京市当中，巨大的燃烧军团号，喷射着绿色粒子的托勒密号，会飞的潜水艇丹奴之子号，粉色公主的座驾永恒号，还有大和号，拟・阿卡姆号，拉・凯拉姆号全部出现在了第三新东京市的上空。
猛然一出现，各舰的屏幕之中就出现了下方城市那火焰滔天的景象，还有那无数联邦MS部队进入到城市之中肆意的破坏着地面装甲层的画面。
燃烧军团号上，萧然和玛琉也通过屏幕看见了外面情情况，萧然在沉默了一下之后，... -->>
